Parse 主张Scale侵犯了10,900,065专利、11,168,355专利和11,427,856专利的部分权利要求，这些权利要求涉及对细胞内、多个细胞和/或组织内的分子进行唯一标记和条形码标记的方法，限定了对RNA逆转录获得的cDNA进行标签标记的具体步骤。这些方法能够形成用于识别 cDNA 的来源细胞的特异性标签。
该案主要争议部分在于权利要求1的前序部分：“一种在多个细胞内对RNA分子进行独特的细胞特异性标记的方法”。
在 Markman（权利要求解释）阶段，基于在专利审查过程中专利权人做出过放弃特定权利要求范围（disclaimer）的陈述，最终法院认定前序部分具有限定作用，即，“一种生成能够识别 RNA 分子细胞来源的标记方法，其中，细胞特异性标记是通过在完整细胞（intact cells）内对 cDNA 进行多轮附加孔位特异性标签而形成的。”
在侵权分析阶段，双方的主要分歧在于：被控产品的索引化逆转录（Indexed Reverse Transcription）是否可以构成向 cDNA 附加孔位特异性标签的多轮步骤之一。
Scale 的专家 Shalek 博士解释其产品的逆转录过程：利用一个或多个含有poly-T 区域的引物（primer），该区域会与 mRNA 的poly-A 区域结合或附着；随后，逆转录酶会通过逐一添加与 mRNA 序列互补的核苷酸来延伸该引物。
Scale认为，在该过程中，cDNA并不是单独存在的，因此不能说cDNA是被附加（appended）到引物上的：
涉案权利要求要求将标签（tags）附加（appending）到 cDNA 上；
在Scale产品的索引化逆转录步骤中，标签被附加的那一刻，是第一个核苷酸进入并与含有条形码（即标签）的引物结合的时刻；
即，在这种情景下，标签并不是被附加在已存在的“cDNA”上，而是一次附着在一个的单个核苷酸上。
法院不同意Parse 提出的两项主要论点：
首先，根据对前序部分所作的解释，其字面含义要求“将孔位特异性标签附加到 cDNA 上”。也就是说，这要求：（一）cDNA 已经存在；（二）标签被附加到该已经存在的 cDNA 上。
其次，Parse 的观点是 cDNA 可以在其被附加到标签的那一刻（即连接到引物时）同时被合成，这与前序部分要求相冲突，其中要求 cDNA 在附加或连接之前就必须已经存在。
最终法院认为，Scale 的产品并未字面侵犯涉案权利要求：在逆转录过程中，在标签即将被附加到单个核苷酸的那一刻，毫无争议地，此时尚未形成任何cDNA分子。因此，Scale 有权获得不侵权的简易判决。
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