案件背景
涉案专利为 EP2401365B1，标题为“通过重新设计 mRNA 一级结构提高蛋白质产量”，专利权人为 The Scripps Research Institute，Promosome 为独占被许可人。该专利在德国、法国和瑞典有效。
涉案专利权利要求1保护一种提高全长蛋白表达效率的方法：在编码序列中识别位于主要起始密码子下游的一个或多个次级起始密码子，通过不改变蛋白质氨基酸序列的同义突变降低次级起始密码子处的翻译起始，从而减少核糖体偏离主要起始密码子，提高全长蛋白表达。权利要求10还加入了突变编码区内 miRNA 结合位点、降低 miRNA 介导的翻译抑制的步骤。
Promosome 指控 BioNTech/Pfizer 在设计和生产 Comirnaty 原始株及多个奥密克戎变体疫苗时，通过密码子优化改变了刺突蛋白 mRNA 中的次级起始密码子和 miRNA 结合位点，因此实施了涉案专利方法；相关 cDNA、质粒DNA、mRNA及疫苗则属于由专利方法直接获得的产品，被告在德国、法国和瑞典的销售、使用、进口和储存产品等行为构成侵权。BioNTech/Pfizer 随后提出专利无效反诉。
在美国，Promosome 于2023年6月向加州南区联邦地区法院提起诉讼，主张 Comirnaty及其制造过程侵犯 US 8,853,179。Promosome 与 Pfizer、BioNTech 在美国的诉讼于 2023年10月通过协议撤诉而结束，法院没有就侵权或专利有效性作出实体判决。
Promosome 也曾对Moderna在美国提起过侵权诉讼不过后来撤诉了。Promosome声称，其此前曾分别与BioNTech和Moderna进行过接触，并把相关技术分享给了对方。
权利要求1不具备新颖性
D2：Matsuda等人的2006年论文
D2研究一种芜菁黄花叶病毒（TYMV）基因组 RNA 衍生的双顺反子mRNA，其中 AUG69 启动 p69 蛋白翻译，位于其下游的 AUG206 启动另一蛋白 p206 的翻译。将 AUG206 突变后，p69表达量提高约2.5倍，且突变不改变所编码的氨基酸序列。
专利权人主张 AUG206 是 p206自身（即，双顺反子 RNA 编码的第二个蛋白质）的“主要起始密码子”，而不是涉案专利意义上的“次级起始密码子”。
法院不接受该区分。权利要求并未限定于单顺反子序列；相对于所选择的“目标蛋白”p69而言，AUG206位于其主要起始密码子下游并启动另一个不希望产生的蛋白，因此属于次级起始密码子。D2已经公开了突变该位点、减少第二蛋白产生并提高目标蛋白表达的全部技术特征，故破坏权利要求1的新颖性。
D1：WO 91/01374
D1公开了通过改变编码序列中的内部起始密码子，防止不期望的内部翻译起始，从而提高目标重组蛋白的产量和纯度。优选方案是在不改变目标翻译产物氨基酸序列的情况下改变第二位点起始密码子。
专利权人主要质疑D1所提出的科学机制是否准确、其实验结果是否充分，从而认为D1不构成可实施的公开。
法院指出，作为破坏新颖性的现有技术，D1确实必须具有可实施性；但可实施性并不要求现有技术对作用机制给出完全正确的科学解释，也不要求必须提供已经实际完成该方法的实验数据。只要现有技术明确公开了技术步骤，技术人员能够依靠普通技术知识在不过度负担的情况下实施，并获得所描述的提高蛋白产量效果，即构成可实施公开。法院据此认定D1直接、明确且可实施地公开了权利要求1的全部特征。
另外，其他25项辅助请求均因创造性问题而无效。
即使不考虑专利无效，Promosome也未能证明侵权
Promosome主要证明了两个事实：Comirnaty的mRNA相对于野生型刺突蛋白序列改变了大量潜在次级起始密码子；Comirnaty序列的蛋白表达明显高于野生型序列。
但法院认为，这无法确定被告是否实际改变了任何二级起始密码子。原因在于 Comirnaty同时进行了广泛的密码子优化，而密码子优化本身就可能提高mRNA稳定性和蛋白翻译效率，并可能顺带移除潜在次级起始密码子。
法院特别指出，在同时进行了密码子优化的情形下，仅证明“潜在次级起始密码子减少且蛋白表达量增加”不能合理推断出这些密码子必然是实际发生翻译起始的功能性内部密码子。
Promosome未能具体证明被告已对一个或多个次级起始密码子进行了突变，且该突变导致在次级起始密码子处的蛋白质合成起始减少，进而减少了核糖体从主要起始密码子处的偏离，从而提高了全长蛋白质的表达效率。
法院同时澄清：直接侵权并不要求BioNTech/Pfizer具有主观侵权故意，关键在于实际的二级起始密码子是否发生了突变，并导致了权利要求效果。假如普通密码子优化过程中确实突变了一个实际次级起始密码子，并因此提高蛋白表达，原则上仍可能构成侵权；法院认为，Promosome没有完成这一事实链条的证明，无法认定被告侵犯了该专利权。
* 以上文字仅为促进讨论与交流，不构成法律意见或咨询建议。